martedì 6 luglio 2010

Zucchini, aubergine, squash: controllo epigenetico durante l'embriogenesi


La fantasia dei genetisti si impossessa di acronimi dal mondo vegetale. Memori dell'aver chiamato Gurken un fattore di crescita simile al TGF-alfa nel moscerino della frutta, ora adesso hanno studiato due nucleasi che processano l'RNA, coinvolte nel controllo dei retrotrasposoni, nominandole Zucchini, Squash oltre ad una proteina simile a PIWI, chiamandola Aubergine, melanzana. 
Sempre in Drosofila, Aubergine è una proteina legante RNA simile a PIWI e ad AGO3 (argonaute). Il meccanismo del repeat-associated small RNA ed RNA intererence è un meccanismo di risposta alla presenza di materiale genetico non-self, presente ed attivo anche nei batteri (CRISPR system rappresenta con grande plasticità l' annotazione nel genoma batterico di tags -direct repeats- derivanti dagli RNA virali).

 A model for the RNAi pathway.
ATP-dependent cleavage of dsRNA yields siRNAs, which then guide a nuclease to the target mRNA, ensuring its destruction. The complex of proteins formed on the duplex siRNA is denoted 'siRNP' to distinguish it from the fully active 'RNA-induced silencing complex' (RISC*) capable of cleaving its RNA target.
RNAi (animals), PTGS (transgenic plants), and VGS (virus-infected plants) are initiated by different molecules, and require distinct but related genes. The three pathways all converge on a common specificity determinant, the siRNA, and perhaps a common set of effector proteins that destroy the targeted mRNAs.
Da: P. Zamore,  RNA interference: listening tho the sound of silence, Nature Structural Biology, 2001, 8:746-50.

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