breve visita in Austria

Dal 2 al 6 luglio ho visitato Salisburgo per una pausa dal lavoro ma anche per un convegno sugli RNA.

Ho soggiornato a Wals, un paese vicino all'aeroporto, alloggio che  ho trovato tramite AirB(and)B, un servizio di affittacamere online che gestisce una munitissimo numero di locatari sparsi per il mondo : il posto scelto era a 30 euro al giorno, e dispone di una mansarda grande due stanze, e di un bagno alla discesa delle scale fornito di doccia, lavatrice e asciugabiancheria, servito da due autobus che fanno la spola fino al dopo le 21 con la città. 

                                           panorama dalla finestra della mia mansarda

Arrivato da Bologna in treno, ho goduto del servizio e delle comodità, ho anche consumato un pasto (che ho provveduto a mettere nella borsa perchè a Innsbruck non c'era tempo per scendere dalla piattaforma).

(treni efficienti, senza ostacoli per disabili, con servizi per biciclette e nuove carrozze)

l convegno si svolgeva sulla collina, tra villette residenziali, presso l'hotel Saint Virgil (si legge Virghil), un istituto salutistico e religioso che fornisce una buona cucina, un ambiente tranquillo, filosofico e olistico,  nel verde

La mattina per i primi due giorni ho preso un autobus per arrivare a san Virghil, e al ritorno sono sceso a piedi.  Avendo imparato il percorso, il terzo giorno sono salito a piedi, investendo i 2,5 euro in un caffè sulla terrazza. La mattina presto il lungo fiume è animato da persone che fanno jogging e esercizi, oltre a chi cerca monete e oggetti preziosi con i metal detector (sedersi sugli argini come fanno i giovani nel pomeriggio comporta il rischio che le monete cadano dalle tasche).

Il costo della vita è rapportabile a quello di una nostra grande città, si riesce a mangiare ai chioschi o in posti a gestione familiare con 3,5 euro, esempio ho preso una vellulata di patate, un caffè e una fetta di torta alle mele per 7 euro.

Il mio padrone di casa, un ragazzone alto e sportivo, con cui mi sono intrattenuto a parlare una sera, e che ha lavorato diversi anni in Italia, come istruttore sportivo e cameriere a Rimini, e maestro di vela sul lago di Garda, ha detto che vanno una volta su tre a fare la spesa in Germania, rispetto a Salzburg è a pochi chilometri, (la mattina gli sms mi indicavano di essere sotto le linee dei provider tedeschi) e per molti prodotti c'è una differenza di un  euro, che sulla lista finale della spesa fa una bella differenza.

La sua passione è la montagna, passare un weekend in tenda con gli amici, organizzare salite sulle Alpi bavaresi e salisburghesi, il picco delle aquile di hitleriana memoria è a distanza di qualche ora. Purtroppo spesso il sabato c'è pioggia o maltempo, così si accontentano di escursioni più brevi. 

                                      particolare di una strada del ghetto, via dei Giudei

                                           alle spalle della piazza della città vecchia

                             con la casetta più stretta, costruita per colmare un vicolo tra due palazzi

                                    con la statua di San Florian, e la farmacia più antica

Senza parlare di tutti i riferimenti a Mozart, le piazze, alle case con targhe "qui ha abitato ...", al Flauto Magico e la piazza  Papageno, i ristoranti Pamina, i musei e l'auditorium di musica classica... tantissimi  luoghi

A me piacciono le piazze con i mercatini, e qui anche se più a livello di boutique dell'ortofrutta, si trovano tante verdure tipiche mitteleuropee, il cavolorapa, che si mangia sia fresco, affettato, che stufato  in umido e nelle minestre, la radice di prezzemolo, che dà un sapore particolare allo spezzatino e all'arrosto di carni miste con la panna acida, il rafano, che è aggiunto sia grattugiato che in forma di crema a wurstel, carne lessa di maiale, cotolette e wiener schnitzel. 

Una sosta  fruttuosa è stata al supermercato, mi sono rifornito di semi di cumino dolci e quelli più aromatici, adatti per cucinare i crauti, bacche di ginepro, pane di tipo tedesco, schwarz brot (al cumino).

Altra tappa in macelleria, a acquistare rauch schunken, la carne affumicata che si usa sia cruda che arrostita, e la pasta di wurstel spalmabile, che in Cechia chiamiamo macesky, in tedesco teewurst.

L'Austria è stata una seconda patria per mia madre, già operaia in fabbrica a Vienna a 18 anni, nel 44-45, vi sarebbe rimasta con il nonno non fosse stata la nonna a voler tornare  al paese a Dobrin. Vi è sempre tornata con entusiasmo, parla ancora bene il tedesco, ha nostalgia della cucina e dei dolci.

E' stato tutto un parlare a monosillabi, danke, nach, bitte, dato che il mio corso di tedesco risale alla seconda media, e ho perso l'uso dei verbi, ma l'inglese è lingua simile e compresa da tutti

   Targa commemorativa dello scienziato  fisico Doppler, nella piazza dedicata a Mozart

                                

Ma tutto questo tempo non è stato dedicato solo a mangiare...

in sede di convegno, ho incontrato Corrado Spadafora, a desrtra nella foto, ora dirigente all'Istituto Superiore della Sanità, protagonista di uno dei temi più controversi nella ricerca, il trasferimento di materiale genetico non-self mediante spermatozoi e la produzione di animali modificati per la zootecnia. Come ci tiene a precisare, questo DNA estraneo (nella forma di un gene che rende le cellule fluorescenti) si può trovare in cellule a mosaico in vari  tessuti, ed è trasmissibile solo per 2-3 generazioni. Quindi è un metodo inadatto alle esigenze di modificare una razza animale per fini industriali o di ricerca (vedi post precedente, Marialuisa Lavitrano e i maiali modello di malattie genetiche e per la sperimentazione di farmaci). Invece, attualmente si occupa di espressione di elementi ripetuti di origine virale e retrotrasposoni in cellule embrionali e tumorali. Il suo obiettivo, riuscire a fare dei trials clinici con un farmaco inibitore della trascrittasi inversa (già in uso per la terapia anti-HIV) sui malati di tumore anche in presenza di metastasi. Infatti i suoi dati mostrano uno spiccato effetto inibente nei tumori trapiantati in topo.

Un caro amico, una brillante e vivace mente, è Guenther Kahl, al centro, Professore Emeritus alla Goethe University a Francoforte, e socio fondatore della GenXpro. Ci ha lasciato nel 2016. Era settantenne, ha scritto libri e Enciclopedie di genomica, su SuperSAGE, Deep sequencing, Transcriptome profiling, l'ultimo dei quali in collaborazione con un collega tedesco al RIKEN, sulle metodiche di tagging (aggiunta di elementi di identificazione di frammenti di cDNA) e Next generation sequencing. Il suo più bel complimento è l'aver riconosciuto nei nostri colloqui che non sono  monotematico, mente pensava che io mi occupassi solo di piante (legumi) e risposta agli stress. Una soddisfazione è quella di aver trovato altri contributori per uno special issue sugli RNA: signaling, structures and role in protein complexes, che uscirà su MicroRNA nel 2015.

i virus: dal più piccolo al più grande

Al convegno di Salisburgo "DNA habitats and  its RNA inhabitants", detto anche "RNA Agents", si è parlato molto di virus.  Virus a DNA, ad RNA, a singolo filamento (filamento + e filamento copia), virus integrati nei genomi, virus silenti e virus che si replicano, elementi retrovirali e retrotrasposoni. Ci si è interrogati su cosi sia il virus, se un virus è un essere vivente  o no, come  un virus informatico. Virus che si replicano senza capside, oppure che sfruttano l'apparato genico dell'ospite per rivestirsi di proteine di membrana (envelope) e di condensazione e compattamento dell'acido nucleico. 

Ma quanto possono essere grandi i virus?

In microbiologia medica si studiano quelli di rilievo per la salute umana, il poxviridae, a cui appartiene il virus del vaiolo, hanno capsidi di 200 nm di diametro e 300 nm di lunghezza...

Il micrometro: 1 μm = 1 × 10^-6 m.

 

L'ordine Megavirales racchiude i più complessi virus conosciuti, hanno un dsDNA molto grande, di 2.5 Megabasi nel Pandoravirus, che contiene fino a 1000 geni. Il mimivirus o APMV, infesta l'Acanthoameba, e potrebbe essere la causa di alcune forme di polmonite. I capsidi hanno dimensioni di 0.5 micrometri. 

Il Marsigliavirus ha le dimensioni di 1.5 micrometri, contiene un DNA relativamente più piccolo, 600 kilobasi, ricco in adenine-timine (è stata proposta la definizione di virus nucleocitoplasmici a DNA grande (NCLDV)

Considerendo in paragone i Micoplasma, batteri Gram positivi, questi codificano per circa 500 geni, la metà dei Megavirales, e  in media un batterio possiede circa 5000 - 6000 geni

I retrovirus sono  virus che trascrivono l'RNA in DNA grazie alla trascrittasi inversa. Di questi si conoscono bene quelli coinvolti nelle infezioni come l'AIDS, l'HTLV, e nei tumori perchè alcuni oncogeni sono simili a geni virali come src del virus del sarcoma di Rous.  In genere nei tumori è stata misurata una elevata attività di trascrittasi inversa, e sequenze di origine virlae altamente ripetute, LINE-1, SINE, Alu, sono retrotrasposoni o elementi minimi di replicazione che dalle regioni ripetute ai loro bordi si riproducono tramite RNA piccoli e DNA copia delle stesse dimensioni. Mentre nelle cellule gametiche questi elementi sono fondamentali per iniziare la riprogrammazione epigenetica (metilazione del DNA, sintesi del  piwi-RNA,  nuovi marchi sugli istoni, ecc..) nei tumori questa sintesi deregolata è come un segnale di ripresa di una fase gametica o embrionale non richiesta). Farmaci a base di inibitori di trascrittasi inversa sono in grado di contenere la crescita tumorale e metastatica.
Un altro tipo di virus ad RNA a singolo filamento si trascrive il suo acido nucleico mediante una DNA polimerasi RNA dipendente, un esempio è dato dal virus che causa la febbre emorragica di Ebola
l'Ebolavirus appartiene ai Floriviridae, ragruppati nei Mononegavirales,

• Ebola virus (EBOV, formerly designated Zaire ebolavirus) is the sole member of the Zaire ebolavirus species, and the most dangerous of the five known viruses within the genus ebolavirus.^[1] Four of the five known ebolaviruses cause a severe and often fatal hemorrhagic feverin humans and other primates, known as ebola virus disease. 

I virus hanno varie localizzazioni intracellulari, si motliplicano per lo più nei nuclei usufruendo degli enzimi cellulari, o si spostano in organelli per svolgere specifiche funzionalità.

Sono capaci di deragliare la specificità di enzimi cellulari, rendendoli capaci di modificare la loro natura da enzimi che utilizzano DNA come substrato e stampo, ad utilizzare e copiare RNA.

Inducono malattie tramite interazione diretta con fattori intracellulari.

Hanno RNA con attività catalitica, come ribozimi, dipendente da ioni magnesio (similmente agli introni di tipo I, autosplicing). Hanno bisogno di DNA ligasi, che in questo caso si adatta a funzionare come RNA ligasi.

Quanto possono essere piccoli i virus, e le loro forme senza capside, i viroidi?

si sono ridotti al minimo, come

I più piccoli virodi sono elementi di RNA essenziali, contengo pochissime basi, da 3900 basi fino alle sole 246 basi del viroide dell'avocado a macchia di sole (Avocado sunblotch viroid)

il potato spindle tuber viroid è un RNA strutturato , a forcina per capelli, che isolato mediante centrifugazione differenziale, e trasferito sulle piante induce la malattia. 

 molti organismi adattati a vivere a spese di forme superiori, forme intracellulari obbligate, come la clamidia di dimensioni di 0.5 micrometri. 

Esistono molti retrovirus endogeni (ERV), che ormai sono stabili nel genoma e hanno acquisito funzioni specifiche, di rewiring del genoma, dando alle cellule staminali la capacità di moltiplicarsi, la possibilità di eventi casuali di mutazione e evoluzione genica, e in alcune specie animali, come le pecore, i betaretrovirus sono presenti in forme non patogeniche, che partecipano allo sviluppo e morfogenesi della placenta, a altri come JSRV che incide sulla formazione di tumori del polmone. 

Esistono poi virus che hanno acquisito dai loro ospiti geni per proteine che diventano funzionali alla moltiplicazione e diffusione del virus. Altri virus si sono evoluti da elementi non-genomici autopropaganti, come i plasmidi che trasmettono geni di resistenza agli antibiotici.

• The retrovirus HERVH is a long noncoding RNA required for human embryonic stem cell identity pp 423 - 425. Xinyi Lu et al. doi:10.1038/nsmb.2799
• Human endogenous retrovirus subfamily H (HERVH) is a class of  transposable elements expressed preferentially in human embryonic  stem cells (hESCs). A new study now shows that the long terminal repeats of HERVH function as enhancers and that HERVH is a nuclear  long noncoding RNA required to maintain hESC identity.
• Long terminal repeats (LTRs) of HERVH function as enhancers. HERVH is required to maintain hESC identity. Furthermore, HERVH is associated with OCT4, coactivators and Mediator subunits. Together, these results uncover a new role of species-specific transposable elements in hESCs.

Colorno e dintorni

Ecco un breve riassunto di cose fatte o ricordate mentre ero in viaggio a fine giugno...
alla reggia ducale ho ritirato un depliant della provincia, sui castelli di Parma e Piacenza...

la visita al parco della reggia mentre in serata era prevista una serata all'aperto , con opera ....

la vista della facciata interna della reggia, con dedica a Maria Luigia...

chi si ricorda del film di Bellocchio "I pugni in tasca", si ricorda anche  che i primi timidi tentativi di liberalizzazione degli ospedali psichiatrici, con Basaglia, sono stati fatti proprio a Colorno, negli edifici adiacenti al parco ducale, che ancora resistono all'incuria...

nel 1978, in agosto, avevo appena finito il militare,  i pochi contatti in paese erano un infermiere, cui avevo regalato un libro su Bonaventura Durruti, gli anarchici e la guerra di Spagna, andavo a trovare i ricoverati, uno pensava che fuori fosse ancora presidente Saragat, una donna chiedeva sempre dei caffè, un paziente più loquace raccontava delle sue uscite e delle sue ricadute, di angosce e bisogno di protezione...

In piazza, ho visitato il caffè Illy, ha un altro nome ma è stato pubblicizzato per l'incontro di campagna elettorale con Elly Schlein

Adesso c'è un pub, nascosto dentro un cortile, che ha buone birre, e mi ha lasciato usare internet, erano le 18, apparecchiavano taglieri di salumi affettati come aperitivo... (grande tradizione, a casa da Giovanni Serra si faceva sfoggio di salumi per accompagnare i discorsi)

abbiamo incontrato la signora Poli, che si è fatta in quattro per la mamma per molti anni, fino a quando si è ritirata in pensionato e poi è morta.. dice, adesso che pensavamo di goderci qualche viaggio, il marito non sta bene... ci ha parlato di uno zio, Licurgo, e dei suoi 11 fratelli...

strani nomi a Colorno, c'è una lapide al cimitero di Cavalca Oriente, di un Felice Sereni, gestore di pompe funebri, una Signora Ebe, atmosfere felliniane...

Il treno come ideale di viaggio... come ricchezza di paesaggio....

campagne bolognesi di campi ricchi di balle di fieno... campagne veronesi rigogliose di verde..

paesaggi dal finestrino, i monti del trentino sono rocciosi, come scolpiti da seghe potenti, ricordano le cave di pietra salentine, mentre le rocce più a nord sono basaltiche, ricoperte da pini, più si sale in Tirolo più ci sono alberi...
ricordo i viaggi di fine anni '60, i cambi di treno a Vienna, di corsa verso la stazione nord, per prendere il Vindebona  in direzione Praga, bello, nuovo, con la carrozza ristorante e un profumo di piatti cechi,
seguito nei primi anni '70 da viaggi in auto, con soste a metà strada, dormendo in auto,  notti con tappeti di stelle a Salisburgo, e le campagne ordinate, ricche, degli austriaci,  pulite e ben tenute, le case e i giardini, idee di benessere e lavoro sodo...
Treno come libertà e come avventura, il primo viaggio vero, lungo, da solo, fino ad Amsterdam, lungo il traforo del Sempione, a Stresa di notte lungo il lago Maggiore lato est, odore della notte, di estate, di ferie le prime frutto di un lavoro con tanto di cedolino dello stipendio... Inter-rail per giovani al di sotto di 26 anni, usato solo 15 giorni, Francia e Spagna e ostelli, e tante facce, discorsi, impressioni...e  voglia di cambiamento.
Il treno come aggregatore sociale, per scambiare informazioni e simpatizzare, mamme con bambini, coetanei, persone con il biglietto elettronico ma che il controllore rimprovera perchè oltre confine il sistema cambia, e al ritorno non potranno farselo validare perchè il codice è diverso...  il treno notturno, cuccette a 4 con acqua e al mattino un giornale, forse anche un caffè della macchinetta, persone che hanno una destinazione comune, "e di dove sei" "e anche noi" " noi invece dobbiamo arrivare a".

l'ultimo albero rimasto sui binari della stazione di Bologna