martedì 3 maggio 2016

8 maggio al roseto comunale -Roma

Domenica 8 Maggio, in occasione della manifestazione OPEN House Roma 2016 (http://www.openhouseroma.org/2016/), si terrà un tour scientifico & culturale all'interno dello spettacolare scenario del Roseto Comunale di Roma.
La regina dei fiori, la rosa, verrà analizzata da un punto di vista botanico, letterario, paesaggistico e artistico durante una passeggiata guidata dalla collega Silvia Fineschi, Ipsp-CNR. L'evento è organizzato dal Dipartimento di Scienze Bio-Agroalimentari del Cnr in collaborazione con romaapiedi.com, Roseto Botanico Fineschi e Studio Bellesi Giuntoli.
La giornata sarà organizzata in due tour, il primo avrà inizio alle ore 11.00, il secondo alle ore 15.00.



venerdì 29 aprile 2016

giornate divulgative Lecce

Sono in esposizione in piazza Sant'Oronzo fino a domenica primo maggio 2016 diversi padiglioni a cura dei partners dei progetti SaveGrainPuglia, Biodiverso, e i progetti integrati per la biodiversità Biodiversità dei fruttiferi Re.Ge,Fru.P, Biodiversità della vite Re.Ge.Vi.P., e Biodiversità dell'olivo Re.Ge.O.P.
I primi due sono terminati nel 2015, gli altri tre proseguono e hanno un budget considerevole.

Proseguono quindi le attività di recupero delle cultivars antiche e in via di disuso, che potranno essere mantenute in vita e trasferite alle prossime generazioni
http://www.lagazzettadelmezzogiorno.it/news/home/655647/Mela--Limoncella--salvata-dall.html (dall'estinzione)
lenticchia gigante di Altamura

 




Confagricoltura Puglia, insieme con l’Assessorato alle Risorse Agroalimentari della Regione Puglia, il Centro di Ricerca, Sperimentazione e Formazione in Agricoltura “Basile Caramia”, Sinagri S.r.l. Spin Off dell’Università degli Studi di Bari, Coldiretti Impresa verde s.r.l., Confcooperative, CIA Agricoltura è Vita s.r.l., è partner di tre “Progetti integrati per la Biodiversità”, (BURP - n. 64 del 03-05-2012), finanziati dal Psr Puglia 2007-2013 nell'ambito della misura Misura 214 Azione 4a "Progetti integrati per la Biodiversità", che riguardano la salvaguardia in Puglia di varietà coltivate a rischio di estinzione, in particolare di fruttiferi, olivo e vite:
Tra le attività di progetto, è prevista l’organizzazione di una serie di incontri sul territorio per sensibilizzare gli agricoltori e facilitare la ricerca, l’identificazione ed il recupero di germoplasma locale raro di antica coltivazione.
I seminari prevedono la presentazione dei progetti da parte dei relatori dei partner scientifici ed uno spazio dedicato al dibattito, aperto alle segnalazioni da parte degli agricoltori di varietà coltivate locali a rischio di estinzione.

Gli incontri, visto l’alto profilo dei relatori, hanno un elevato valore scientifico ed hanno, altresì, una notevole importanza per tutto il comparto agricolo regionale.
Il progetto “ReGeFruP”, finalizzato al recupero e alla salvaguardia del germoplasma frutticolo pugliese, è coordinato dal Centro di Ricerca, Formazione e Sperimentazione in Agricoltura “Basile Caramia”, e vede la partecipazione di 24 Partners.
Le attività di coordinamento progettuale, dalla fase di elaborazione della proposta progettuale, alla progettazione esecutiva e gestione operativa del progetto, sono curate con il supporto e la collaborazione dell’Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante (IPSP) del CNR, UOS di Bari (già Istituto di Virologia Vegetale) e dello Spin Off accademico SINAGRI. Con entrambi gli Enti è stata sottoscritta (in data 12/09/2012) una specifica convenzione che regolamenta gli aspetti specifici dell’affidamento del servizio di progettazione e gestione del progetto.

giovedì 14 aprile 2016

Nuovo presidente CNR in visita

La settima prossima, visita del prof. Massimo Inguscio, presidente CNR, si terrà,  il 22 aprile 2016, presso "Cantine Due Palme" - Cellino S. Marco, l'incontro organizzato da Sezione Sud Est dei Georgofili dal titolo "L'innovazione in agricoltura per essere competitivi nei mercati globali".


Jazz a Torino

Furio De Castri nel documentario sulla vita di Paolo Fresu, mi riporta al mio compagno di liceo Massimo Artiglia, che nei primi anni 70 suonava piano e contrabbasso in gruppi già forti. La sera si andava in un locale stile Blue Note in piazza Solferino (forse lo Swing club), o su palchi di teatro dove loro si esibivano gratis. Si notava per la chioma, e per una 250 con cui girava per la collina.
Ci siamo parlati di recente, lui fisico prestato all'industria, ha partecipato a progetti di ricerca. Con Renato Giuliani teatrante,  con cui cantava i pezzi di Jannacci, Cochi e Renato, e Nicola De Maria, pittore e medico, sono state le persone più vicine e care.

Da metà 2007 fino a tutto il 2008 a Milano è stato membro del coro di musica sacra
Kitaredium, coro che si è esibito in vari concerti e ha inciso un CD dedicato alla prima registrazione
assoluta della Missa Cujus Toni di Johann Kaspar Kerll. Dal 2009 a oggi continua ad essere attivo
sulla scena musicale principalmente di Torino come pianista di Jazz (con proprio trio e in piccole
formazioni), pianista in gruppi di musica Brasiliana (a Roma, progetto Jobim, con il chitarrista
Enrico Cresci) e tastierista in gruppi di soul music, rock e R&B. Nel 2009 ha ridato vita al progetto
ideato negli anni ’90 (e poi interrotto) dedicato alla musica di Thelonious Monk e Bud Powell
(Monk’n Bud) che attualmente propone. Nel 2011, entusiasmato dalla musica del pianista
brasiliano João Donato, ha fondato il gruppo Latin Connection. Attualmente lavora a Pisa presso la
Scuola Superiore S. Anna.

depliant del CIRCOLO La Rusnenta circolo Jazz, attivo fino al 2014





sabato 2 aprile 2016

Scienza in rete intervista il Presidente del CNR

Massimo Inguscio, nuovo presidente del CNR, ha alcune parole chiave che ricorrono nel suo colloquio con scienzainrete. Proviamo quindi a seguirne la traccia, perché insieme sembrano comporre abbastanza chiaramente un programma di lavoro intenso e di sostanziale rafforzamento del massimo ente scientifico nazionale. In concomitanza con il nuovo Piano Nazionale della ricerca (ora, pare, finalmente alle porte) il CNR si appresta anche a presentare il proprio piano triennale, la strategia dell'ente da qui al 2020.
Università. La prima cosa che sottolinea Inguscio è “riprendere il rapporto, anzi la sinergia, con l’università”. Il CNR dovrà riprendere a  lavorare insieme agli atenei, colmando una frattura che - a suo dire - si è creata da tempo. E questo “per rientrare in contatto verso con i giovani, i laureandi, i gruppi di lavoro che in università fanno ricerca di base, e che sono fondamentali per far progredire la ricerca nel nostro paese”.
Razionalizzazione. Come vede Inguscio il CNR di domani? Lo vede razionalizzato. Il che non significa “tagliato”, ma ricomposto in grandi centri di ricerca, ripulendolo dalle frammentazioni, sezioni e sezioncine che si sono formate rincorrendo ogni forma possibile di finanziamento sul territorio. il che ha creato un ambiente frammentato, con doppioni, e senza una strategia comune”. Una volta messo ordine e con una chiara strategia, si avrà senz’altro la credibilità per chiedere anche più risorse di quante se ne ricevano oggi.
Ricerca di base. Quindi si dovrà andare verso un dimagrimento di risorse in certi ambiti e in una rifocalizzazione delle risorse così liberate sulla ricerca di base, motore di ogni innovazione. Il CNR rimane per sua natura a vocazione universale, riferimento delle politiche di ricerca del governo, protagonista del trasferimento tecnologico e dell’innovazione, ma nutrito dalla ricerca di base, o “di fantasia”, come Inguscio ama dire. “D’altronde non è un caso se per il 90% chi ha i brevetti più interessanti è anche chi pubblica su Nature oScience. C’è un nesso inscindibile fra ricerca di base e applicata”.
Rilanciare il Sud. Bisogna operare delle scelte strategiche. Una di queste è rafforzare, come CNR, la ricerca nel Sud, creando quindi centri che facciamo massa critica e possano attirare nuovi ricercatori e fondi.
Reclutamento e carriera. Bisogna inoltre avere una particolare attenzione al reclutamento dei ricercatori, attrarre le eccellenze e i giovani, attraverso nuovi meccanismi meno burocratici che consentano di superare le barriere burocratiche che storicamente hanno rappresentato un ostacolo per il rinnovamento degli enti di ricerca. La legge di stabilità offre i primi segnali, ancora timidi quanto a risorse, di un nuovo percorso in questo senso. Quindi, Inguscio si propone di completare la promozione dei ricercatori CNR con grant ERC a posizione di primo ricercatore o dirigente di ricerca. Di riaprire la progressione di carriera, di fatto bloccata dai sindacati, attraverso concorsi ben scanditi nel tempo. Anche per sanare gradualmente la piaga del precariato. Il riferimento di Inguscio va all’ultima tornata di assunzioni di ricercatori presso il CNR ai tempi del ministro Mussi, che almeno per la fisica portò nell’ente ricercatori spesso non provenienti dalle sedi del bando ma da altrove (in italia o dall’estero). “Una generazione di ricercatori scelti non con logiche locali o clientelari, che infatti portò ottimi risultati anche in termini di grant europei e successive carriere anche fuori Italia”.
PNR. Il Piano nazionale della ricerca di prossima pubblicazione riserva secondo Inguscio alcune sorprese importanti. Per esempio per la prima volta vengono destinati dei fondi per “vestire” i grant ERC, in modo che l’ente di appartenenza consenta al vincitore del grant una chiara libertà di spesa, per formare un gruppo di lavoro intorno al progetto. 
Valutazione. La valutazione è centrale per destinare fondi alla ricerca e per il reclutamento. Meno lacci e laccioli in fase di selezione, e più valutazione periodica dei risultati, come si fa ovunque. “Le scelte non devono essere anonime ma personali e trasparenti nell’indicare chi le compie, e chi, nel caso di errore, dovrà pagarne le conseguenze”. 
Human Technopole. “Il CNR è pronto a collaborare con chiunque. L’IIT è una realtà importante di cui bisogna prendere atto nella realtà del nostro paese. Il CNR peraltro esprime competenze fortissime anche nel campo della genomica, della nutrizione, delle neuroscienze, della salute, che ne fanno un attore imprescindibile in questi settori”.
Autonomia. Provocato sul confronto fra enti come CNR e IIT Inguscio, dotato di un notevole self control, dice: “E’ ovvio che tutti vorremmo ricevere soldi pubblici e spenderli secondo criteri privatistici… Ma al di là delle battute, questo mi sembra un momento propizio, per esempio con i decreti della legge Madia, per liberare la ricerca pubblica da alcuni ceppi che la appesantivano, sia per il reclutamento che per la destinazione dei fondi, aprendo per esempio posizioni di tenure-track come nell’università. A vent’anni di distanza dalla riforma Ruberti, con la quelle l’Università ha ottenuto la sua autonomia, ora anche gli enti di ricerca devono avere la loro autonomia, muovendosi in un contesto più moderno e dinamico. Non si può ovviamente continuare a selezionare il ricercatore con le stesse norme del postino e del generico dipendente pubblico”.
Outreach. “A Firenze nel mercatino dei Ciompi, c’è una bancarella che vende libri usati in cui campeggia questa scritta. “Se pensate che la cultura sia cara, pensate quanto vi costa l’ignoranza”. Bisogna attivare programmi di disseminazione, acculturazione, outreach per rendere consapevole tutta la società dell’importanza della ricerca, in modo da evitare reazioni dettate dall’oscurantismo come quelle contro il nucleare, gli OGM, la sperimentazione animale, e via dicendo”.
Soldi dai privati. La quota che i privati in Italia destinano alla ricerca è molto bassa, anche a causa delle dimensioni medie delle nostre imprese e di una certa generale miopia. A questo proposito vorrei creare una attenzione nel mondo industriale sulle possibilità di collaborazione. Per esempio, sul valore aggiunto di far lavorare dottorati nell’industria, cosa che ancora oggi quasi viene nascosta dal candidato al momento del colloquio. Deve cambiare la cultura e il valore percepito della competenza scientifica.

venerdì 25 marzo 2016

Econsystems: MicroRNAs- Intuizioni alla luce della teoria economica

3-Econsystems: MicroRNAs, Receptors, and Latent Viruses; Some Insights Biology Can Gain from Economic Theory:
Front. Microbiol., 23 March 2016 |http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2016.00369

Hanan Polansky* and Adrian Javaherian The Center for the Biology of Chronic Disease, Valley Cottage, NY, USA

This mini-review describes three biological systems. All three include competing molecules and a limiting molecule that binds the competing molecules. Such systems are extensively researched by economists. In fact, the issue of limited resources is the defining feature of economic systems. Therefore, we call these systems “econsystems.” In an econsystem, the allocation of the limiting molecule between the competing molecules determines the behavior of the system. A cell is an example of an econsystem. Therefore, a change in the allocation of a limiting molecule as a result of, for instance, an abnormal change in the concentration of one of the competing molecules, may result in abnormal cellular behavior, and disease. The first econsystem described in this mini-review includes a long noncoding RNA and a messenger RNA (lncRNA and mRNA). The limiting molecule is a microRNA (miRNA). The lncRNA and mRNA are known as competing endogenous RNAs (ceRNAs). The second econsystem includes two receptors, and the limiting molecule is a ligand. The third econsystem includes a cis-regulatory element of a latent virus and that of a human gene. The limiting molecule is a transcription complex that binds both cis-elements.
he first type of econsystem described in this mini-review includes RNAs. Non-protein-coding RNAs, excluding ribosomal and transfer RNAs, were previously thought to be non-functional (Tye et al., 2015). They have been dismissed as background noise, serving no function in the cell. The two major classes of ncRNAs are small ncRNAs (under 200 nt) and long non-coding RNAs (lncRNAs, 200 nt and longer). Furthermore, small ncRNAs are subdivided based on function and cellular location. Subclasses include transfer RNA (tRNA), small nuclear RNA (snRNA), small nucleolar RNA (snoRNA), small interfering RNA (siRNA), piwi-interacting RNA (piRNA), and microRNA (miRNA). LncRNAs are present in a variety of sizes, from just over 200 nt to as long as several kb. MiRNAs regulate the expression of their target genes post-transcriptionally by binding to the messenger RNA (mRNA) (Liz and Esteller, 2016). Consequently, the binding of miRNA to mRNA inhibits translation, or leads to degradation of the target mRNA.
LncRNA also binds miRNA. This binding prevents the miRNA from binding to the mRNA. The lncRNAs and mRNAs that compete for miRNA binding are known as competing endogenous RNAs (ceRNAs). These ceRNAs act as molecular sponges for a miRNA through their miRNA binding sites, referred to as miRNA response elements (MRE). By titrating specific miRNAs, these MREs affect miRNA availability, and, in turn, downstream processes. The binding of a miRNA to MREs within the mRNA leads to translational repression or degradation of the mRNA (Tan et al., 2015). A lncRNA that has higher density of MREs relative to the competing mRNA, and higher concentration, has a significant post-transcriptional effect. Since the concentration of miRNA is limiting, the lncRNA decreases the availability of the miRNA to mRNA
An example of a ceRNA, and its physiological consequences, involves a lncRNA called colon cancer-associated transcript-1 (CCAT1), which is up-regulated in gallbladder cancer (GBC) tissues (Ma et al., 2015). CCAT1 up-regulates the expression of Bmil, which is the target gene of miRNA-218-5p, by competitively binding the miRNA, promoting the proliferation and invasiveness of GBC cells. CCAT1, therefore, exhibits an oncogenic effect by modulating the availability of miRNA-218-5p, and therefore, the expression of Bmi1. Knockdown of CCAT1 inhibited the proliferation and migration of GBC cells. By “spongeing” miRNA-218-5p, CCAT1 may promote tumor development.
In another study, a ceRNA was identified that regulates cardiac hypertrophy (Wang et al., 2014). In the study, Wang et al. observed that the myeloid differentiation primary response gene 88 (Myd88), which is related to myocardial infarction induced by ischemia/reperfusion, is down-regulated by miR-489. This down-regulation inhibited hypertrophy. The study identified a lncRNA called the Cardiac Hypertrophy Related Factor (CHRF), that acts as a sponge, that is, decreases the availability of miR-489. Consequently, the expression of CHRF induces hypertrophic responses.
In a third study, Cesana et al. identified a muscle-specific lncRNA, called linc-MD1, which has MREs for two specific miRNAs, miR-133 and miR-135 (Cesana et al., 2011). These two miRNAs target two mRNAs encoding for proteins that function in myogenesis: the Myocyte-Specific Enhancer Factor 2C (MEF2C), targeted by miR-135, and the Mastermind-Like-1 (MAML1), targeted by miR-133. Depletion of the linc-MD1 lncRNA decreased the levels of both MAML1 and MEF2C proteins, while over-expression of linc-MD1 increased the protein levels. An increase in miR-133 and miR-135 levels, in conditions of excess linc-MD1, decreased the expression of MAML1 and MEF2C. These observations indicate a direct competition for miRNA binding between linc-MD1 and the mRNAs of MAML1 and MEF2C. The linc-MD1 lncRNA levels are strongly reduced in Duchenne muscle cells, and over-expression in these cells resulted in recovery of both MAML1 and MEF2C synthesis. Linc-MD1, therefore, governs the timing of muscle differentiation and myogenic alterations.
In the three examples above, the miRNA is limiting. Therefore, the concentration of lncRNAs determines the availability of miRNA for binding with its corresponding mRNA. This scarcity of miRNAs turns the system into an econsystem.

lunedì 14 marzo 2016

miglioramento genico - vantaggi e scogli da superare

CRISPR, leggesi Cripser, sta per Clustered region of interspersed short palindromic repeats, sta per un sistema sviluppato nei batteri per combattere i virus fagici, ed è basato su endonucleasi Cas9 che leggono l' RNA virale appaiato a una sequenza copia sul DNA (il repeat è un codice di circa 35 nucleotidi, specifico del virus), incorporato nel genoma a memoria di eventi precedenti di infezione, e lo degradano. Il sistema CRISPR/cas9 è stato brevettato (Jennifer Doudna e colleghi) per  modificare cellule in coltura, spesso linee di stem cells da cui possono originare organi e nuovi organismi modificati con una sequenza di RNA guida, affinchè solo il gene bersaglio sia differente. Basta una singola mutazione infatti per conferire nuove proprietà al prodotto proteico. Quando la proteina è superflua, si silenzia, in altri casi è necessaria e quindi occorre togliere un amminoacido per ottenere proteine non allergeniche. 



Schematic representation of Targeted Genome Modifications. Homologous Recombination (HR) allows the substitution of the oligonucleotide without errors; Non Homologous End Joining (NHEJ) repair the DNA breaks with insertions /deletions, disrupting the gene function. 

Una collezione di articoli su gene editing mirato  mendiate CRISPR è stata pubblicata da Nature.
Nell'articolo di benvenuto, Welcome to the CRISPR zoo, spiega i potenziali vantaggi e gli organismi targets.
Ad esempio, nei soggetti che presentano allergie alle uova, l'uso di vaccini ottenuti da colture in uovo è impraticabile. Al fine di superare la reazione delle immunoglobuline IgE all'ovomucoide o altri due allergeni  (Gal d 1, 2 and 3), sono state testate proteine ricmbinanti che non sono riconosciute dalle IgE. Presto uova geneticamente non immunogeniche potranno essere usate per produrre vaccini tollerati da individui con allergie.
Un altro esempio è dato da insetti e dalle malattie a loro collegate. Ad esempio, le api vanno incontro a morìa causate da acari e da virus da questi trasmessi. Se si identificano i geni che causano un comportamento di igiene e pulizia in alcuni ceppi che sono resistenti al parassitismo da acari, o mediante incroci o mediante editing dei geni queste proprietà si potranno trasferire alle varietà di ape comune da miele

  • Gillis has been studying the genomes of 'hygienic' bees, which obsessively clean their hives and remove sick and infested bee larvae. Their colonies are less likely to succumb to mites, fungi and other pathogens ...
Insetti vettori di parassiti (zanzara Aedes e plasmodio oppure virus Zyca, zecche e batteri della malattia di Lyme) o invertebrati come lumache d'acqua vettori di schistosomiasi, saranno i prossimi organismi in cui si testerà la nuove tecnologia di gene editing.

In campo dell'allevamento intensivo, è utile riconsocere e intervenire sul sesso prima della nascita. Per la carne bovina, i maschi sono migliori produttori di carne, a tal fine nel cromosoma femminile può essere inserito un cromosoma Y in modo da assicurare anche alle mucche una buona produzione di carne. Al contrario, nelle uova prima della schiusa può essere utile riconoscere il pulcino maschio, che in genere viene soppresso con costi di produzione. Inserendo un gene fluorescente, le uova sono riconosciute prima della schiusa e possono essere destinate alla produzione di vaccini.

Modelli di malattia e potenziali cure
Gene editing può essere applicato alla comprensione di malattie come l'autismo. Nel macaco l'introduzione della mutazione del gene MECP2 ha prodotto sintomi simili alla malattia di Rett nell'uomo.
In pratica, sarà più facile studiare la genomica funzionale, andando a silenziare geni di cui non si conosce la funzione per trovare eventuali fenotipi dei mutanti.
Negli altri articoli si affrontano tutte le problematiche di policy-making e biosicurezza, accettabilità, che queste tecnologie possono creare oltre che nuovi animali per la terapia o per il puro diletto (ad es. maiali per trapianto di organi, oppure animali da compagnia)



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